Benedikt von Peter wurde 1977 in Köln geboren, studierte Musikwissenschaft, Germanistik, Jura und Gesang in Bonn und Berlin und initiierte dort mit Kommilitonen die Akademie Musiktheater Berlin-Salzburg (heute Akademie Musiktheater der Deutschen Bank Stiftung). Mit dem Dramaturgen Benjamin von Blomberg gründete er die Produzentengemeinschaft „evviva la diva“. 2003-2005 arbeitete er an der Hamburgischen Staatsoper als Assistent und inszenierte dort die deutsche Erstaufführung von Peter Eötvös’ „Angels in America“, am Theater Heidelberg brachte er anschließend „Chief Joseph“ von Hans Zender sowie Tschaikowskis „Eugen Onegin“ auf die Bühne.
In den Jahren 2007-2011 inszenierte Benedikt von Peter Verdis „I Masniadieri“ an der Oper Frankfurt, setzte an der Komischen Oper Berlin Händels „Theseus“, Beethovens „Fidelio“ und Mozarts „Idomeneo“ in Szene sowie am Theater Basel Poulencs „Les Dialogues des Carmélites“ und „Parsifal“ von Richard Wagner. An der Staatsoper Hannover brachte er Luigi Nonos „Intolleranza 1960“, „La traviata“ von Giuseppe Verdi und Mozarts „Don Giovanni“ zur Aufführung.
In Vertretung hatte Benedikt von Peter 2006-2009 die Professur für Regie an der Hochschule für Musik und darstellende Kunst Frankfurt inne. Für die Produktion „Chief Joseph“ erhielt er 2007 den Götz-Friedrich-Preis. Seine Inszenierung von „Intolleranza 1960“ wurde 2011 mit dem Theaterpreis FAUST als beste Inszenierung Musiktheater geehrt.
Von 2012 -2015 war er als Leitender Regisseur Musiktheater am Theater Bremen engagiert und inszenierte hier „Aufstieg und Fall der Stadt Mahagonny“, „Mahler III“, „La traviata“ und „La Bohème“, „Die Meistersinger von Nürnberg“. 2014 wurde er für seine Inszenierungen am Theater Bremen sowie für die Gesamtleistung der Musiktheatersparte mit dem Kurt Hübner-Preis ausgezeichnet. Mit Beginn der Spielzeit 2016/17 wird er Intendant am Theater Luzern.