Hans-Georg Wegner studierte zwischen 1990 und 1997 Theaterwissenschaft, Musikwissenschaft, Philosophie, Soziologie und Theologie in Erlangen und Berlin. 1999 bis 2000 forschte er in München als Stipendiat der Orff-Stiftung zu Carl Orffs Oper „Der Mond“, nachdem er ein Jahr am Theater der Altmark Stendal als Regieassistent für das Schauspiel tätig war.
Wegner arbeitete von 2000 bis 2007 als Musiktheaterdramaturg und ab 2004 als stellvertretender Chefdramaturg an der Sächsischen Staatsoper Dresden. In Dresden war er neben seiner Tätigkeit als Dramaturg der Semperoper für die Uraufführungen, Stückentwicklungen und den experimentellen Zweig des Musiktheaters an der Studiobühne der Semperoper zuständig.
Wegner schrieb mehrere Opernlibretti, u. a. für die Oper „Wir“ von Christoph Staude, die 2006 auf der „Münchener Biennale - Festival für zeitgenössisches Musiktheater“, uraufgeführt wurde.
Seit 2007 war er als Chefdramaturg am Theater Bremen engagiert, von 2010 bis 2012 war er als Leiter der Sparte Oper Mitglied des Leitungsgremiums am Theater Bremen und dessen künstlerischer Geschäftsführer. Mit der Spielzeit 2013/14 wird er als Operndirektor an das Deutsche Nationaltheater Weimar wechseln.